肛門常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，是肛竇炎的臨床癥狀常見的表現。肛竇炎又稱肛隱窩炎，常是肛管直腸部位感染性疾病的發源病灶，因癥狀不重，易被忽視。
(一)發病原因
1.感染與損傷 肛竇因竇底在下，開口朝上，呈袋狀，引流差，容易貯藏糞便引發感染和損傷，肛竇的邊緣又有游離的半月形的肛瓣，也容易受到干糞塊的擦傷或被排便時撕裂。排便次數增多或患腸炎、痢疾、腹瀉、便秘等，頻繁刺激肛竇和肛瓣。身體和局部抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，糞便和異物存積肛竇，竇道受到阻塞，使肛腺分泌的肛液引流不暢，加上糞便分解，病菌繁殖，肛竇即發炎腫脹。常見的致病菌有大腸埃希桿菌、葡萄球菌、變形桿菌、產氣桿菌、鏈球菌、結核桿菌、綠膿桿菌等，其中大腸埃希桿菌佔60%～70%。
2.性激素的影響 高月晉等(1985)指出，與皮脂腺一樣，肛腺的發育與功能主要受人體性激素的調節，性激素的高低直接影響著肛腺的增生與萎縮，因此性激素的水平與肛竇炎的發生有密切關係。而性激素中以雄激素的影響最大。人一生中，新生兒體內由母體帶來的雄激素較多，故肛周感染較多，一過發育成長期，隨雄激素水平下降，肛周感染有的可自愈。男性及青壯年雄激素水平較高，故而肛腺感染增多，肛周膿腫常發於青壯年。老年性激素水平明顯下降，肛腺隨之萎縮，因此老年很少發生肛竇炎及肛周感染。
3.胚胎髮育的影響 認為在胚胎髮育的第7周，泄殖腔膜和肛膜破裂，與後腸融合，此時泄殖腔膜的背側部分衍生為肛管、齒狀線和肛柱的下部，若由於某種原因造成肛膜與後腸之間發生異常融合，不能形成正常齒狀線和隱窩，而形成不規則齒狀線和過深隱窩，出生後容易受細菌感染和損傷，形成肛竇炎、肛周膿腫和肛瘺。臨床觀察證實肛周膿腫和肛瘺患者的肛隱窩常異常加深，可深達3～10mm，數目可增至3～13個，胚胎髮育影響著肛竇的學說已為專家廣泛認可。
(二)發病機制
目前沒有相關內容描述。
肛竇炎 慢性期無明顯癥狀，但常有肛內輕微隱痛墜脹或不適感，或肛腺分泌減少，肛管乾澀，排便不暢等。急性發作期則有排便疼痛，分泌物多，手紙偶然帶膿血，燒灼不適，肛門墜脹等。如果肛門括約肌受炎性刺激，可引起括約肌輕度或中度痙攣性收縮，常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，嚴重者疼痛可通過陰部內神經、骶神經、會陰神經出現放射性疼痛。
肛門短時間陣發性鈍痛的鑒別診斷：
1、肛裂：肛裂以肛門周期性疼痛、便秘、大便帶血為主症。其疼痛程度較肛隱窩炎重，疼痛時間亦較長。
2、肛周膿腫：是肛隱窩炎進一步發展的結果，主要表現為肛周疼痛，逐漸加重，釀膿時呈雞啄樣痛，伴惡寒發熱等症，血常規檢查白細胞明顯增多，中性粒細胞亦升高。
3、肛門疼痛：肛門疼痛是多種肛門直腸疾病的臨床表現。不同性質的疼痛，反映出不同的疾病特點。
4、血栓外痔：血栓外痔(external hemorrhiod)血栓外痔是臨床多發病，常因過食辛辣刺激食物，大便臨廁努掙，肛周皮下靜脈破裂，血液淤積皮下而成。臨床常以患者自覺肛門腫脹、疼痛有異物感為主症，檢查可見肛周或肛管皮下有葡萄狀暗紫色腫物，有時伴表面輕度糜爛出血。
5、肛管炎：肛管炎是長期的糞便刺激和不良的排便習慣引起的，其主要癥狀是持續性跳動疼痛、肛門瘙癢墜漲、排便異常等。持續性跳動性疼痛：許多患者當排便時，因大便刺激肛管而導致持續性疼痛，令患者行動不便，坐卧不安。
肛竇炎 慢性期無明顯癥狀，但常有肛內輕微隱痛墜脹或不適感，或肛腺分泌減少，肛管幹澀，排便不暢等。急性發作期則有排便疼痛，分泌物多，手紙偶然帶膿血，燒灼不適，肛門墜脹等。如果肛門括約肌受炎性刺激，可引起括約肌輕度或中度痙攣性收縮，常有短時間陣發性鈍痛，或疼痛持續數小時，嚴重者疼痛可通過陰部內神經、骶神經、會陰神經出現放射性疼痛。
辣椒、酒類對直腸粘膜有直接刺激作用，過度進食則會引起直腸粘膜充血、擴張。辣椒和酒類也會刺激肛門瓣及肛竇，引起局部發炎而導致肛竇炎，因此應少吃這類刺激型食物。