陰莖疼痛主要指陰莖表皮或內部疼痛。有些男性在第一次性交後會感到陰莖疼痛，這時不必害怕，這可能是陰莖在勃起後大量充血而回血功能比較弱，造成性交後陰莖短時間內脹痛，一般1～3個小時後可以消失。新婚初夜時若多次性生活，也會出現這種情況，以後適度控制性生活頻率就可以了。
陰莖疼痛原因
1各種外傷、蚊蟲咬傷、丘疹或是任何表皮外傷。
2性交過度。
3生殖器表皮感染。
4前列腺發炎常常會引起陰莖的疼痛，這種情形可能是因為陰莖部位受到感染或是刺激所導致。
5尿道炎和淋病。主要通過性行為傳染而造成疼痛癥狀。
6在未割除包皮的男性身上，容易發生包皮內的感染(即龜頭炎)，這也會使陰莖腫大和疼痛。
陰莖表皮或內部疼痛。
陰莖硬結症：常在中老年男性中發病。病情可以是輕微、中度或嚴重，而病徵可以是慢慢出現或一夜之間發生。陰莖硬結症常見的病徵包括:1.陰莖上出現可能是無痛的硬斑塊2.陰莖彎曲3出現在陰莖上側的硬塊會令到陰莖向上彎曲(這是較常見的情況)，而出現在陰莖下側的硬塊會令到陰莖向下彎曲。3.有些患者的硬塊會同時出現在陰莖的上側和下側，並使陰莖縮短和變形。4.陰莖勃起時感到不舒服或疼痛。5.勃起功能障礙。
陰莖損傷：並非常見，可依其損傷部位、程度以及解剖病理學進行分類。一般按有無皮膚損傷，分為閉合性損傷和開放性損傷。所謂陰莖離斷傷是指包括陰莖皮膚、皮下組織、陰莖海綿體和尿道海綿體的離斷，分完全型和不完全型兩種。
痛性陰莖勃起：痛性陰莖勃起指的是陰莖勃起時疼痛,勃起時間病理性延長,通常與性慾或性交沒有聯繫,而是由於陰莖海綿體靜脈迴流受阻所致,尿道海綿體及龜頭不受累及。
陰莖表皮或內部疼痛。
1.保持樂觀豁達的心境，善於調節控制不良情緒。
2.節制房事避免強烈的性刺激。
3.少吃肥甘厚味，少飲酒，多吃粗糧、蘿卜、青菜。
4.不要濫用各種滋腎壯陽的補品。